Salah satu pesantren tertua di Indonesia adalah Pesantren Buntet yang terletak di Cirebon. Pesantren Buntet pertama kali didirikan oleh KH. Muqoyyim bin Abdul Hadi, pada tahun 1750 M, atau orang Buntet biasa menyebutnya Mbah Muqoyyim. Di keraton Cirebon, beliau menjabat sebagai mufti, atau Bagian Pengadilan Agama Resmi.
Mbah Muqoyyim mempunyai pendirian kuat, salah satunya adalah tidak mau kooperatif dengan belanda yang banyak mencampuri urusan internal keraton, sehingga membuat beliau memilih keluar dari keraton dan mendirikan pesantren. Dalam perantauan inilah beliau memulai kehidupan sebagai kyai dengan mendirikan masjid dan gubug kecil untuk mengajarkan agama.
Melihat luasnya keilmuan yang beliau miliki, serta dikenal sebagai orang keraton, juga mempunyai tauladan yang beliau tunjukkan kepada masyarakat membuat pesantren beliau didatangi banyak murid yang ingin menimba ilmu di pesantren beliau. Sehingga pesantren Buntet semakin berkembang dengan pesat hingga saat ini.
Sejarah mencatat bahwa tempat yang pertama kali dijadikan sebagai pondok pesantren letaknya di Desa Bulak, kurang lebih ½ km dari perkampungan pesantren yang saat ini berdiri. Sebagai bukti bahwa desa Bulak merupakan peninggalan Mbah Muqoyyim yaitu terdapat situs makam santri yang sampai sekarang masih utuh.
Pondok Buntet Pesantren bersifat tradisional modern. Adanya modern karena sistem sekolah modern diadopsi di pesantren tersebut. Seperti adanya Madrasah Ibtidaiyah hingga perguruan tinggi. Adapun yang tradisional yaitu adanya pendidikan yang mengkaji kitab-kitab salafusholeh yang banyak mengupas tentang hukum-hukum islam didalam alquran dan hadist dari para ulama terdahulu.