Persebaran fauna di Indonesia sangat berkaitan erat dengan letak Indonesia yang berada diantara kawasan Oriental (Benua Asia) di bagian barat dan kawasan Australia (Benua Australia) di bagian timur. Karena Indonesia merupakan negara kepulauan yang di mana pulau-pulaunya saling berdekatan, sangat memungkinkan terjadinya percampuran fauna dari dua kelompok kawasan tersebut ketika terjadi migrasi.
Sehingga, dengan terjadinya percampuran tersebut berdampak pada pengaburan batas antara kawasan Oriental dengan kawasan Australia. Untuk memperjelas lagi batas-batas tersebut, berikut ini ada beberapa penjelasan tentang peta persebaran fauna di Indonesia.
Artikel terkait: Peta Persebaran Flora di Indonesia
1. Persebaran fauna berdasarkan garis Wallace
Garis Wallace ini merujuk pada penelitian yang dilakukan oleh Alfred Rusell Wallace tentang kekhasan hewan yang berada di wilayah Indonesia bagian barat dan timur. Dalam penelitiannya, antara Pulau Bali dan Lombok yang letaknya bersebelahan dan hanya berjarak sekitar 24 kilometer saja ternyata mempunyai jenis fauna dengan perbedaan yang sangat kontras. Yang di mana, ketika di Pulau Bali banyak dijumpai burung pematuk buah, serangga / hewan, serta pematuk kayu. Namun, tidak demikian ketika di Pulau Lombok, di sana (Lombok) justru banyak terdapat burung penghisap madu, kakatua serta brush-turkey (Sejenis Kalkun).
Dengan kata lain, fauna yang ada di Pulau Bali dan Pulau Lombok memiliki kekhasan masing-masing, meskipun jaraknya berdekatan. Oleh karena itu, Wallace membuat garis pemisah abstrak yang membentang mulai dari Selat Lombok hingga melewati Selat Sulawesi dan Filipina Selatan. Garis ini (Wallace) merupakan garis pemisah antara fauna Indonesia bagian barat dengan fauna bagian tengah.
2. Persebaran fauna berdasarkan garis Weber
Selain Wallace, ada juga seorang ahli zoologi berkebangsaan Jerman yang melakukan penelitian terhadap kekhasan hewan-hewan yang ada di wilyah Indonesia. Weber juga mengamati hal yang sama dengan apa yang dilakukan oleh Wallace, yaitu meneliti kekhasan hewan-hewan di Indonesia bagian barat dan timur.
Kemudian Weber juga membuat garis pemisah abstrak yang membentang mulai dari sebelah timur Sulawesi hingga Kepulauan Aru atau yang disebut juga dengan garis weber. Garis tersebut merupakan garis pemisah antara fauna bagian timur dan tengah.
Berdasarkan garis pemisah fauna yang dibuat oleh Wallace dan Weber, jenis fauna di Indonesia terbagi menjadi tida wilayah, yaitu fauna tipe Asiatis (Fauna Indonesia bagian barat), fauna tipe Australis (Fauna Indonesia bagian timur) dan fauna peralihan (Australis-Asiatis).
Dengan ciri-ciri sebagai berikut:
A. Fauna tipe Asiatis
Fauna tipe Asiatis merupakan semua jenis fauna yang berada di wilayah Kalimantan, Sumatera, Jawa dan Bali (Bagian barat). Karakteristik dari fauna yang berada di wilayah ini adalah banyak terdapat jenis hewan mamalia (menyusui) dengan ukuran yang besar serta berbagai macam jenis ikan air tawar dan juga kera.
Di wilayah ini juga jarang ditemukan jenis burung berwarna. Yang banyak adalah orang utan, monyet proboscis, beruang matahari, badak bercula satu, bebek pohon, babi hutan, gajah, burung heron, dan burung merak.
B. Fauna tipe Australis
Fauna tipe Australis merupakan semua jenis fauna yang berada di wilayah Papua dan Kepulauan Aru (Bagian timur). Karakteristik dari fauna yang berada di wilayah ini adalah bamyak terdapat jenis hewan mamalia (menyusui) dengan ukuran kecil dan juga jenis hewan berkantung.
Sedikit jenis ikan air tawar dan kera, namun banyak terdapat burung berwarna. Jenis fauna yang terdapat di wilayah ini antara lain adalah walabi, kanguru pohon, kuskus bertutul, cendrawasih, landak pemakan semut, burung pelikan Australia, burung kasuari, burung betet, burug kakatua dan merpati bermahkota.
C. Fauna tipe peralihan (Asiatis-Australis)
Fauna tipe peralihan merupakan semua jenis fauna yang berada di wilayah Sulawesi dan Kepulauan Nusa Tenggara (Bagian tengah). Karakteristik dari fauna yang ada di wilayah ini adalah adanya jenis hewan yang mirip dengan fauna tipe Australis dan tipe Asiatis. Seperti, beruang, babi rusa, anoa, kuskus, kuskus kerdil, kuda dan komodo.